关于SNP的过滤（1）：如何使用vcftools进行SNP过滤 - 简书
2018年7月16日 · vcftools --vcf raw.g5mac3dp3.recode.vcf --remove lowDP.indv --recode --recode-INFO-all --out raw.g5mac3dplm 然后该文章的原作者非常贴心的， 我们可以将变异限 …
基于bcftools + vcftools的vcf文件快速过滤流程 - CSDN博客
- 群体变异VCF文件即包含一个群体内所有变异信息的文件，通常来自于bwa + gatk等流程获得的gvcf文件Combine而得。同时，由gatk等软件Combine而得的vcf文件往往包含很多低质量的变异，此处的低质量有两个层面：1.在变异位点层面，已有测序的reads在深度和QUAL值等方面不足以证明该位点的存在；2.在群体层面，如果一个变异位点的MAF很低或缺失频率很高，保留该位 …
Filtering of VCF Files - SAMtools
Learn how to filter VCF files using bcftools commands and various metrics, such as quality, depth, and mapping quality. See examples of pre-call and post-call filtering for SNPs and indels, and how to plot and interpret the results.
群体变异数据vcf文件过滤概念及使用方法 - CSDN博客
2020年5月19日 · 1.vcf文件概述 vcf文件格式是变异结果存储的标准格式，一般多用于单核苷酸变异（SNV）或小片段的插入缺失（indels）的结果记录。 除此之外， vcf 文件 也可以存储其他 …
关于SNP的过滤（2）：如何使用vcftools进行SNP过滤 - 简书
2018年7月18日 · vcffilter usage: vcffilter [options] <vcf file> options: -f, --info-filter specifies a filter to apply to the info fields of records, removes alleles which do not pass the filter -g, --genotype …
对SNP的VCF文件质控筛选 - 简书
2020年5月29日 · 注释主要包括一些软件参数和文件信息，例如vcf注释信息1 vcf注释信息2 可以看出，注释中标出了样本名，筛选参数（Hard—Fliter），筛选用的个软件以及对应的genome信 …
VCF文件的常见FILTER汇总 - Shinamy - 博客园
2023年9月25日 · It is extremely important to apply appropriate filters before using a variant callset in downstream analysis. See our documentation on filtering variants for more information on …
Filtering and handling VCFs - Speciation & Population …
Generating statistics from a VCF. In order to generate statistics from our VCF and also actually later apply filters, we are going to use vcftools, a very useful and fast program for handling vcf files.
vcf_filter - CSDN文库
2024年8月14日 · VCF Filter是生物信息学中常用的一种工具，用于过滤VCF文件中的变异位点。 通过设定一些过滤条件，可以筛选出具有较高可靠性的变异位点。 常见的过滤条件包括：位 …
GitHub - superDross/VcfFilterPy: VCF filtering tool
This project was born out of the inability to perform complex filtering upon certain fields such as allele balance with existing vcf filtering tools and it has been created to allow one to easily …